La secretaría ejecutiva tiene como objetivo prestar asesoría para el desempeño de las funciones del Consejo Regional. La secretaría estará a cargo de un secretario ejecutivo quien ejerce de ministro de fe y es un sujeto pasivo de lobby. Es elegido por el Consejo Regional y es nombrado por el Gobernador Regional.
Entre otras funciones, el Secretario Ejecutivo deberá, en la primera sesión en que se instale el Consejo Regional proceder a dar lectura a los fallos del Tribunal Calificador de Elecciones y del Tribunal Electoral Regional, según corresponda, que dan cuenta del resultado definitivo de la elección en la región y en las circunscripciones provinciales; tomará al Gobernador Regional y las Consejeras y Consejeros Regionales electos, juramento o promesa de observar la Constitución y las leyes, y de cumplir con fidelidad las funciones propias de sus respectivos cargos.
En el caso de vacancia del cargo de Gobernador Regional, debe citar a una sesión extraordinaria dentro de los diez días de la vacancia y con, a lo menos, tres días de anticipación, al efecto que el Consejo Regional elija un nuevo Gobernador Regional. En caso que ella no se realizase, el secretario ejecutivo citará a una nueva, la que se realizará dentro de los diez días siguientes a la sesión fracasada, pudiendo realizarse una tercera citación en igual período. Por último, informar al partido político el fallecimiento o cese en el cargo del Consejera o Consejero Regional.
En el marco de la gestión interna del Consejo Regional, el Secretario Ejecutivo certifica los acuerdos del Consejo Regional; podrá tener funcionarios a cargo, los que presten funciones en la secretaría ejecutiva; lleva la correspondencia en nombre del Consejo Regional y por orden del Presidente, salvo las excepciones de las autoridades de nivel central, el Delegado Presidencial Regional, con las Cortes de Apelaciones con asiento en la región, con el Tribunal Electoral Regional y con la Contraloría Regional respectiva; la secretaría también, recibirá los certificados médicos que justifiquen las inasistencias a las sesiones de las Consejeras y Consejeros Regionales y toda otra información de similar carácter.
Otras funciones, tales como, las de indicar el quórum requerido según las materias a votar, llevar el registro de asistencia de las sesiones, notificar a los Consejeros Regionales fecha y hora de las sesiones, dar cuenta de la tabla en la sesión y lectura de las actas, entre otras, corresponderá que sean definidas en los reglamentos de gestión interna del Consejo Regional.
En el Consejo Regional de Antofagasta el cargo se secretario ejecutivo lo ejerce el abogado de la Pontificia Universidad Católica de Chile, Víctor Hugo Véliz Fanta.