Además de las Comisiones Permanentes, el consejo podrá acordar la creación de comisiones para tratar temas específicos o durante un tiempo determinado, integrada por un mínimo de tres miembros; cuya composición, funciones y plazo de duración quedará establecida en el acuerdo que las sancione, las que en todo caso y para todos los efectos de la ley N°19.175, Orgánica Constitucional sobre Gobierno y Administración Regional, tienen el carácter de comisiones del Consejo Regional.
A abril del 2024 el Consejo Regional de Antofagasta tiene en funcionamiento la “Comisión Ad-Hoc de Seguimiento y Fiscalización de Proyectos” que tiene por objetivo fortalecer la labor de seguimiento y fiscalización de las iniciativas emblemáticas financiadas por el Gobierno Regional de Antofagasta a través del F.N.D.R. De esta forma, se analizan el proceso de ejecución de los proyectos ya sancionados, para así propender a su implementación en la forma y tiempo definido por el formulador.